蛋白质与DNA相互作用的能量学
摘要：蛋白质与DNA的相互作用对于生物细胞中的许多过程，特别是转录调控和DNA修饰至关重要。为了进一步理解这些重要过程在微观水平上的机制，理论模型需要准确描述大分子相互作用能量学。虽然已有一些方法被提出，但尚未对这些方法在预测生物学上重要的数量（如正确的DNA结合序列、总结合自由能和DNA突变引起的自由能变化）方面进行仔细比较。除了进行比较，我们还介绍了两个最初在蛋白质折叠中发展的重要理论模型，尚未应用于蛋白质-DNA相互作用。在这个过程中，我们发现这些基于知识的势函数的结果对相互作用距离和推导方法有很强的依赖性。最后，我们提出了一个基于知识的势函数，其结果与其他最佳方法（包括分子力学力场AMBER99）相当或更好。
作者：Jason E Donald, William W Chen, Eugene I Shakhnovich
论文ID：q-bio/0611095
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2007-05-23