一套多样蛋白质的全原子从头开始折叠
摘要：蛋白质在自然状态下是以一种独特的、在热力学上占优势的状态进行折叠的。蛋白质折叠过程的建模和对其天然折叠的预测是生物物理学中两个尚未解决的重要问题。在这里，我们展示了使用一种最简化的、可传递的能量模型，由双体原子-原子相互作用、氢键和模拟序列特定链刚度的本地序列能量项组成，成功地进行了代表性多样化蛋白质的全原子从头折叠。在大多数蛋白质中，无论它们的结构类别如何，从随机卷曲结构开始，在复制交换蒙特卡洛（REMC）模拟中观察到了类似天然状态的结构；能量最低的结构接近原生结构，其根均方偏差在2-6 A范围内。我们的结果表明，蛋白质链成功地从原子级折叠到其原生状态，仅由少数关键的能量项控制。
作者：Jae Shick Yang, William W. Chen, Jeffrey Skolnick, and Eugene I. Shakhnovich
论文ID：q-bio/0611086
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2007-05-23