力学快速冷却后的重折叠和泛素的机械和热展开途径
摘要：拉曼动力学方法研究了沿着溶液线拉伸形态的泛素(数据库ID:1ubq)经过凝聚力退折方法的摺叠。结果显示退折将塌陷和折叠动力学解耦。力退折时间遵循tau_F ~ exp(f_q*x_F/k_B*T)的比例关系，其中f_q是退折力，x_F = 0.96 nm是平均过渡态在反应坐标中的位置，由端-端距离给出。该值与力固定实验得到的x_F = 0.8 nm接近。详细研究了机械和热力学展开路径，并与实验和全原子模拟结果进行了比较。结果显示，热力学展开的序列与机械展开的序列明显不同。研究发现，固定泛素的N-末端与固定其C-末端相比，更大程度地改变了其机械展开路径。我们得到了自然态和过渡态之间的距离x_UF = 0.24 nm，与实验数据基本吻合。
作者：Mai Suan Li, Maksim Kouza, Chin-Kun Hu
论文ID：q-bio/0611080
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2009-11-13