所有原子模拟下的发夹核酶的热力学
摘要：自剪切发夹核酶的结构已经被很好地表征，并且通过批量和单分子荧光测量进行了折叠研究，确定了阳离子，尤其是镁离子在原生构象稳定性中的重要性。在本研究中，我们首次描述了发夹核酶的全原子折叠模拟，使用了一个具有分离二级结构和三级结构能量贡献的Go势函数版本。三级结构/二级结构相互作用能的比值被用作非特异性阳离子结合的代理：高比值对应高浓度，而低比值模拟低浓度。通过研究RNA在一定温度和三级结构/二级结构能量范围内的展开行为，得到了一个三态相图，包括折叠态、展开态（螺旋）以及短暂的三级结构的折叠/展开态。通过在相图的每个区域中进行成对折叠模拟验证了热力学。这三种相态行为与实验观察到的状态相一致，因此这个简单模型捕捉到了RNA折叠中的基本热力学特征。
作者：Lucas G. Nivon and Eugene I. Shakhnovich
论文ID：q-bio/0611078
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2007-05-23