相关脆性位点表达使我们能够鉴定与免疫相关的候选脆性基因，并与癌变相关
摘要：常见脆弱位点（CFS）是人类基因组中特定的区域，在复制压力条件下特别容易发生基因组不稳定性。有几项调查支持常见脆弱位点在癌症发生中起到作用的观点。我们讨论了一种基于图论和Gene Ontology词汇的基因组范围方法，用于对常见脆弱位点的功能特性进行表征，并识别对肿瘤细胞生物学有贡献的基因。将CFS按照表达模式之间的相关性进行网络组装。通过应用稳健的测量来定量描述网络的非平凡性，我们确定了几个拓扑特征，明确表明与Erdos-Renyi随机图模型有明显的偏差。最重要的结果是在渗透阈值明显下方存在一个意想不到的大连通分量。大多数最好表征的常见脆弱位点属于这个连通分量。通过使用Gene Ontology对这个连通分量进行过滤，我们检测到了统计学上显著的共享功能特征。发现常见脆弱位点富集了与免疫反应和肿瘤进展相关的基因，如细胞外空间重塑和血管生成等机制。我们的结果支持了脆弱位点具有功能的假设，我们提出脆弱性与脆弱基因表达的协调调控相关。
作者：A. Re, D. Cora, A. M. Puliti, M. Caselle and I. Sbrana
论文ID：q-bio/0610047
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2007-05-23