蛋白质内部的疏水、亲水和带电氨基酸网络
摘要：蛋白质的三维结构由其组成的氨基酸的物理化学性质决定。根据它们的物理化学性质，20种不同类型的氨基酸可以分为三个主要类别 - 疏水性、亲水性和带电性。我们分别研究了大量蛋白质的疏水性、亲水性和带电残基的加权和非加权网络的结构。我们的结果表明，疏水性网络的平均度数明显大于亲水性和带电网络的平均度数。亲水性网络的平均度数略高于带电网络。疏水性网络节点的平均强度几乎等于带电网络的平均强度；而亲水性网络的平均强度小于疏水性和带电网络的平均强度。三种类型网络的平均强度与其度数有关。带电网络中一个节点的平均强度增长速度比疏水性和亲水性网络更快。三种类型网络均表现出“小世界”特性。我们的结果进一步表明，所有氨基酸网络和疏水性网络都是同类型的。而多数亲水性和带电网络是同类型的，而另外一些则表现出节点的非同类混合特征。我们还观察到所有氨基酸网络和疏水性网络具有层级特征；而亲水性和带电网络没有任何层级特征的迹象。
作者：Md. Aftabuddin and S. Kundu
论文ID：q-bio/0609041
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2009-11-13