最大频率基因树：克服分子系统发育不一致的简化全基因组方法
摘要：基因组和基因在进化过程中会多样化，然而，基因在物种之间的关系在多大程度上仍然保留着不清楚。分子系统发育研究的模型物种包括已测序的酵母和病毒基因组以及拥有化石支持的真实系统发育树的植物。本研究通过比较物种间的同源基因，生成了7种酵母物种的单基因树和9种杆状病毒物种的单基因树。用于验证发现的同源基因包括7种已知植物的同源基因。使用了四种算法：最大简约法、最小进化法、最大似然法和邻接法。在基因间加权DNA和蛋白质序列长度之前和之后重建了树。很少有基因能够通过这四种算法始终生成“真树”。然而，最频繁的基因树，称为“最大基因支持树”（MGS树，或带权重的WMGS树），在酵母、杆状病毒或植物中一致地被发现是物种间的“真树”。结果揭示了所分析基因组的同源基因的整体分化程度，并暗示以下结果：1）在研究的物种之间，真树关系仍然由最大的一组同源基因维持；2）在遗传上更接近的物种之间通常有更多具有较高相似性的同源基因，而在遗传上更远的物种之间则较少；3）最大基因支持树反映了物种间的系统发育关系。关键词：基因组、基因进化、分子系统发育、真树
作者：Yunfeng Shan and Xiu-Qing Li
论文ID：q-bio/0609003
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2008-06-09