用Metropolis算法模拟蛋白质链的动力学
摘要：Metropolis Monte Carlo 算法的实现用于研究多体系统的平衡热力学。选择小的试探移动，应用该算法得到的轨迹与应用 Langevin 动力学得到的轨迹一致。将该程序应用于简化的蛋白质模型，可以证明在单个 Monte Carlo 步骤中，设置二面角的运动阈值为1度时，与非平衡动力学相关的均值量（例如能量、RMSD等）能够被很好地重现，而更高阶矩的良好描述则需要更小的移动。一个重要结果是Monte Carlo 步骤的时间持续与温度成线性关系，这一点在进行不同温度的模拟时应该被考虑进去。
作者：G. Tiana, L. Sutto and R. A. Broglia
论文ID：q-bio/0606038
分类：Other Quantitative Biology
分类简称：q-bio.OT
提交时间：2009-11-13