蛋白质的粗粒化模型的简单溶剂势
摘要：基于粗粒化的氨基酸表示，我们提出了一个简单的溶解势能，其中两个球体模拟了$C\_alpha$原子和一个有效的侧链质心。该势能依赖于一种估计残基埋没面积的新方法，该方法基于以一种适当的方式计算埋藏邻居的有效数量。后者与从所有原子晶体结构计算出的残基埋藏面积显示出良好的相关性。我们检查了仅靠溶解势能就能够从一组伪构象中识别蛋白质的天然结构的能力，并且展示了该势能具有相当高的选择性。
作者：A. Bhattacharyay, A. Trovato and F. Seno
论文ID：q-bio/0606031
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2007-05-23