描述肌凝蛋白-V过程性的动力学模型
摘要：肌动蛋白-5如何协调其两个头部元素的生化反应和机械运动以实现有效的过程性分子运动的详细信息尚未解决。我们比较了肌动蛋白-5行走的定量动力学模型，该模型由五个基本状态组成，并增加了两个额外的状态，以允许无用的水解和解离，在两个方向上扩展了实验结果，包括行走长度、速度和停留时间及其对整体核苷酸浓度和外部载荷的依赖性。该模型揭示了肌动蛋白-5如何利用分子内部应变来同步头部元素的运动。通过计算比较方案获取的反应循环速率常数和内部应变能估计通过广泛探索大参数空间的计算比较方案获得。这种方案利用了我们对反应网络的分析结果，例如速度、行走长度、扩散常数和后退步骤的比例。与实验的一致性通常是合理的，但也存在一些问题，特别是这种通用模型无法重现关于ADP的行走长度依赖性的报道。我们方法探索参数空间的新途径意味着任何已确认的差异都应该为反应网络模型提供新的见解。
作者：K. I. Skau, R. B. Hoyle and M. S Turner
论文ID：q-bio/0606014
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2009-11-13