一类树形统计量的优化
摘要：树形统计量用于量化系统发育树的形态的某个方面。它们经常用于比较重建的树与进化模型，并找到树的重建偏倚的证据。历史上，为了找到有用的树形统计量，人们手工发明了一些公式，然后评估其实用性。本文介绍了一种可以优化一类称为二进制递归树形统计量（BRTSS）的树形统计量的方法。在定义BRTSS类之后，确定了一组代数表达式，可以用于递归运算。可以用这些表达式在BRTSS中定义的树形统计量非常通用，包括许多系统发育研究人员已经熟悉的统计量。然后，我们提出了一个实用的遗传算法，可以根据任意目标函数对BRTSS进行优化。本章最后成功应用了这些方法，找到了一个新的统计量，它表明了先前被假定具有类似性质的两个树分布之间的显著差异。
作者：Frederick A. Matsen
论文ID：q-bio/0605034
分类：Populations and Evolution
分类简称：q-bio.PE
提交时间：2007-05-23