信息与蛋白质接口
摘要：蛋白质-蛋白质相互作用界面的接触点在结合中具有高度特异性和亲和力，预期会对原子或残基类型显示出对偶的偏好。在本文中，我们通过测量895个蛋白质-蛋白质界面的接触点的互信息来量化这些偏好。信息内容显著，并且在原子分辨率下最高。一个简单的现象学理论揭示了界面信息和结合自由能光谱之间的联系。这个联系以原生结合态到非靶标结合态的能量差之间的互信息和能源间的关系的形式呈现。在设计的晶格界面中测量信息内容显示了预期的能量差缩放行为。我们的理论还表明，接触互信息是通过选择机制产生的，并且残基的强选择或高保守性应导致相应的高互信息。更重要地，较大贡献于信息内容的氨基酸预计更具保守性。我们通过显示每种20种氨基酸的保守性与它们个体对蛋白质-蛋白质界面信息内容的贡献之间存在统计学上显著的相关性来验证这一点。
作者：William W. Chen, Paul J. Choi, Jason E. Donald, Eugene I. Shakhnovich
论文ID：q-bio/0604022
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2007-05-23