Affymetrix Genechip阵列中基因表达的定性评估
摘要：Affymetrix Genechip微阵列被广泛用于确定给定生物范式中基因的同时表达。基因芯片阵列上的探针是原子实体，根据定义在阵列中随机分布，并进一步控制基因表达。在本研究中，我们做出了一些有趣的观察。我们展示了阵列上探针强度之间存在相当大的相关性，与独立性假设相违背。虽然这种相关性背后的机制尚不清楚，但我们展示出缩放行为和完美匹配（PM）探针和错配（MM）探针的配置文件相似且免疫背景减法。我们相信，观察到的相关性可能是没有生物学意义、阵列中固有的非稳态或斑块性质的结果。通过检查来自三个真核基因组（Drosophila Melanogaster，Homo Sapiens和Mus musculus）的公开可用的Genechip阵列在不同的生物范式和实验室中以及进行背景减法和无背景减法的情况下得到的PM和MM探头强度的缩放行为和配置文件，来证明这一点。使用去趋势波动分析（DFA）进行估计波动函数，去趋势用到了四阶多项式。本研究呈现的结果为PM和MM探头强度的相关性特征提供了新的见解，并建议在分析Affymetrix Genechip微阵列之前使用DFA作为定性评估工具。需要进行更详细的调查以了解这些相关性的来源。
作者：Radhakrishnan Nagarajan, Meenakshi Upreti
论文ID：q-bio/0604015
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2009-11-13