利用X射线晶体数据优化和评估蛋白质运动的粗粒化模型
摘要：用原子间的接触来定义残基间的相互作用，并引入多个残基间的相互作用参数，扩展了高斯网络模型等简单的粗粒化模型。我们使用98个超高分辨率X射线晶体结构的B因子来优化相互作用参数。预测的GNM波动与B因子之间的平均相关性为0.64，与先前的大规模研究相一致。将残基相互作用分为共价和非共价两种类型，平均相关性提高到0.74，添加配体和辅因子进一步提高到0.75。然而，将非共价相互作用分为非极性、极性和混合三种类型并没有显著改善。简单化学信息的添加提高了预测质量，而不增加粗粒化模型的大小。
作者：Dmitry A. Kondrashov, Qiang Cui, and George N. Phillips Jr
论文ID：q-bio/0604007
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2009-11-13