SELEX实验的定量建模与数据分析
摘要：从随机DNA池中提取与给定DNA结合蛋白具有高亲和力的寡聚物的实验方法被称为SELEX（系统进化算法富集配体）。我们研究了一种适合从SELEX实验中推断转录因子-DNA相互作用参数的实验和计算方法。为了解决这个问题，我们使用了一个转录因子-DNA相互作用的生物物理模型来定量模拟SELEX。我们证明了一个标准的程序不适用于获得准确的相互作用参数。然而，我们在理论上证明通过在实验的不同回合中固定化学势可以稳健地生成一个合适的数据集。基于我们的定量模型，我们提出了一种新的生物信息学方法来分析这种修改后的实验，并应用它来提取一个哺乳动物转录因子CTF/NFI的相互作用参数。从实际的角度来看，与标准的基于信息论的方法和广泛使用的经验性制定的程序相比，我们的方法在假阳性/假阴性权衡方面有显著的改进。
作者：Marko Djordjevic (1 and 2), Anirvan M. Sengupta (3) ((1) Columbia University Physics Department, (2) Mathematical Biosciences Institute, The Ohio State University, (3) Department of Physics and BioMaPS Institute, Rutgers University)
论文ID：q-bio/0512001
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2009-11-11