使用Tangle：四元组的系统构建进化距离矩阵
摘要：基于距离的算法是利用分类序列数据构建系统发育树的常用技术。实施这些算法的第一步是计算成对距离矩阵，以度量现存分类单位之间的进化变化。一种常用的技术是使用对齐序列数据构建成对距离的对数行列式公式。我们回顾了一种适用于最一般模型的距离度量方法，并展示了如何利用对数行列式公式作为其估计器。然后我们展示了对数行列式公式所构建的基础可以推广，从而产生一个之前未知的估计器，该估计器可以改进从对数行列式公式构建的距离矩阵的一致性。这个距离估计器提供了一个一致性技术，用于在序列进化的最一般马尔科夫模型假设下，从系统发育序列数据构建四分体。
作者：J G Sumner, P D Jarvis
论文ID：q-bio/0510035
分类：Populations and Evolution
分类简称：q-bio.PE
提交时间：2007-05-23