单链核酸配分函数的新形式化计算方法
摘要：计算单链核酸配分函数的一种新形式表示。使用二级结构和结构元素的拓扑结构作为分辨率级别。折叠模型涉及匹配、不匹配、对称和非对称内环、环中的堆叠对以及多分支环、突起和双链末端或螺旋末端可能存在的单碱基叠合。短序列和长序列的计算结果表明，对于短寡核苷酸而言，双链形成通常呈现出双态转变。然而，对于较长的寡核苷酸，单自我折叠转变的热力学性质影响了双链形成的转变性质，结果在溶液中形成了中间发夹种群。当短寡核苷酸（分子信标）需要可靠地识别和杂交到其靶向mRNA序列中的可访问核苷酸时，分析了中间发夹种群的作用。结果表明，分子信标的增强特异性是由于其约束的构象自由度和其与目标序列混合的全与否机制造成的。
作者：Roumen A. Dimitrov
论文ID：q-bio/0510011
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2007-05-23