基于平铺理论的Papovaviridae组装模型
摘要：病毒的一个重要组成部分是其蛋白质外壳，称为病毒壳，它包裹并提供对病毒基因组的保护。建立模型来研究由可以在壳中采用不同局部键合结构的蛋白质构建块构成的病毒壳。这种情况在Papovaviridae家族中的病毒中发生，这些病毒与癌症相关，因此对于医药领域具有特别的兴趣。具体而言，该家族中（伪）T=7颗粒的病毒壳由展示两种不同类型键合结构的五聚体组成。虽然这种情况无法用Caspar-Klug理论（Caspar和Klug，1962）数学描述，但可以使用瓦片理论（Twarock，2004）进行建模。瓦片理论用于编码组建块中的局部键合环境，形成组装树，这是Papovaviridae组装模型推导中的一个基本要素，该模型基于Zlotnick的平衡方法(Zlotnick，1994)。引入相空间形式主义来描述由壳中构建块之间键合能量变化引起的组装路径和中间体的变化。此外，确定了组装路径和统计上占优势的组装中间体的浓度。详细讨论了猿猴病毒40的例子。
作者：T.Keef, A.Taormina and R.Twarock
论文ID：q-bio/0508031
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2008-05-15