核酸链动力学的介观建模
摘要：对于理解转录和翻译等细胞过程，需要揭示控制核酸构象变化的机制。为了实现这一目标，我们在这里提出了一个新的中尺度计算模型，为核酸动力学提供了新的窗口。我们将单链核酸建模为由核苷组成的聚合物链。每个核苷包括表示糖分子的珠子和表示碱基的引脚。珠子-引脚复合物可以围绕链的主干旋转。我们考虑配对堆叠和氢键相互作用。我们使用修改后的蒙特卡洛动力学，将动力学分为平移珠子运动和旋转引脚运动。通过进行一系列测试，我们首先证明了我们的模型在物理上是合理的。然后，我们重点研究了DNA发夹（由两个互补段通过非互补环相连的单链分子）的动力学，这是通过实验研究的。我们发现，我们的模拟结果与实验观察一致，证明了我们的模型是研究单链杂交的合适工具。
作者：M. Sales-Pardo, R. Guimera, A.A. Moreira, J. Widom, and L.A.N. Amaral
论文ID：q-bio/0506001
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2009-11-11