Acanthamoeba Polyphaga Mimivirus中的基因和基因组重复
摘要：基因复制是生命三个领域中的分子进化的关键，也可能是新基因功能出现的第一步。大型DNA病毒中已经广泛研究了这一特征，但迄今为止最大的已知病毒——最近发现的棘阿玛巴多相模病毒(Mimivirus)的基因和基因组复制事件并未得到充分研究。在这里，我们对Mimivirus基因和基因组复制事件进行了系统分析。我们发现，Mimivirus的三分之一基因与Mimivirus基因组中的至少一个其他基因相关，这种关联可以通过在更久远的过去发生的大片段基因组复制事件，也可以通过更近期的基因复制事件，这些事件通常是串联发生的。这表明基因和基因组复制在塑造Mimivirus基因组方面起到了重要作用。我们使用多重比对以及基于隐藏马尔可夫模型比较的远程同源检测方法，为某些同源基因家族指定了可能的功能。我们认为，重复的Mimivirus基因家族中的大部分可能会干扰重要的宿主细胞过程，如转录控制、蛋白降解和细胞调控过程。我们的发现支持了大型DNA病毒是复杂进化生物的观点，可能深深扎根于生命树中，反对病毒进化主要由侧向基因获得支配的观点，至少就大型DNA病毒而言。
作者：Karsten Suhre (IGS)
论文ID：q-bio/0505049
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2007-05-23