氨基酸与二级结构类型的相关性：与氨基酸结构的连接
摘要：蛋白质与已知结构的关联性进行了分析。计算了氨基酸类型和八种二级结构类型在远距离位置的相关系数值，距离介于-25和25之间。图表的形状表明，氨基酸的极性和氢键能力在某些距离上对二级结构有影响。大多数氨基酸对特定二级结构类型有明显偏好，将氨基酸分为四组：α-螺旋偏好者、链偏好者、转弯和弯曲偏好者以及其他。第四组包括His和Cis，这些氨基酸对任何二级结构都没有明显的偏好。一组中的氨基酸具有相似的物理化学性质和相同的结构特征。结果表明，氨基酸对二级结构类型的偏好基于氨基酸的Cb和Cg原子的结构特征。α-螺旋偏好者的Cb和Cg原子上没有极性异原子，也没有Cb原子上的支链或芳香基团。在Cb原子上有芳香基团或支链的氨基酸是链偏好者。转弯和弯曲偏好者的Cb或Cg原子上有极性异原子，或者根本没有Cb原子。我们的结果表明，极性和氢键能力在某些距离上对二级结构有影响，并且氨基酸对二级结构的偏好是由Cb或Cg原子的结构特性引起的。
作者：Sasa Malkov, Miodrag V. Zivkovic, Milos V. Beljanski, Snezana D. Zaric
论文ID：q-bio/0505046
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2007-05-23