胰蛋白酶和胰凝乳蛋白酶的特异性：环动控制的动态相关性作为决定因素
摘要：胰蛋白酶和胰凝乳蛋白酶是两种序列和结构相似但底物特异性不同的丝氨酸蛋白酶。先前的实验已经证明，结合口袋外的两个环在控制这两个酶的特异性中起着关键作用。为了理解这种由远距离环所控制的特异性机制，我们使用高斯网络模型研究了胰蛋白酶和胰凝乳蛋白酶的动态特性以及两个环所扮演的角色。我们引入了聚类方法来分析残基的相关运动。我们发现胰蛋白酶和胰凝乳蛋白酶在两个环区域具有不同的动态特征，而这与结合口袋中某些残基的运动高度相关。有趣的是，用胰凝乳蛋白酶的环替换胰蛋白酶的环会改变胰蛋白酶的运动方式，使其类似于胰凝乳蛋白酶，而相同的实验替换也被证明能使胰蛋白酶具有胰凝乳蛋白酶的酶特异性和活性。这些结果表明两个环和底物结合位点的协同运动对胰蛋白酶和胰凝乳蛋白酶的活性和底物特异性起到了贡献。
作者：Wenzhe Ma, Chao Tang and Luhua Lai
论文ID：q-bio/0505037
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2009-11-11