螺旋膜蛋白的结构计算策略：比较研究
摘要：螺旋膜蛋白质的结构预测是根据Engelman和Popot的两阶段模型，利用二级结构元素的结构自主性进行设计的。在这个背景下，我们研究了两种具有不同功能、大小、氨基酸组成和拓扑结构的膜蛋白的结构计算策略：糖基化酪蛋白A同源二聚体（膜蛋白中近螺旋包装的典范）和水通道蛋白。我们的结构计算基于两种替代的折叠方案：一种是从扩展链构象进行的一步模拟退火，另一种是受传统膜蛋白预测中常用的网格搜索方法启发的两步过程。在这个框架下，我们研究了在螺旋膜蛋白的结构计算中利用稀疏NMR数据（如基于距离的约束和剩余偶极耦合）的原理。
作者：Ileana Stoica
论文ID：q-bio/0505014
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2007-05-23