逼真蛋白质模型的几何和物理考虑
摘要：蛋白质结构的一般概念是全局排列或局部基元的结合形式，包括螺旋、片段和环状结构。这些规律、重复出现的二级结构元素在氨基酸骨架几何和氢键满足方式上有明确且标准化的定义。最近，人们提出了“管状”模型，以几何最优的圆柱体填充来解释蛋白质二级结构。然而，原子级的详细模拟表明，仅仅考虑这种填充方式是不足以定义二级结构的，螺旋形成需要明确建立体积排斥和氢键模型。这些结果对于构建和解释现实和有意义的生物高分子模型具有根本性的影响。
作者：Isaac A. Hubner and Eugene I. Shakhnovich
论文ID：q-bio/0504033
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2009-11-11