邻居相关核苷酸替代过程的识别和测量
摘要：邻居依赖性的存在在所有生物体中产生了一种特定的二核苷酸频率模式。尤其是，在脊椎动物中，CpG-甲基化-脱氨过程是主导的置换过程，并需要被纳入更现实的核苷酸置换模型中。基于核苷酸置换的一般框架，我们开发了一种能够识别最相关的邻居依赖性置换过程、测量其强度并判断其重要性被纳入建模中的方法。从一个邻居独立核苷酸置换模型开始，我们按照它们增加模型描述给定数据的能力的顺序逐步添加邻居依赖性置换过程。我们还展示了人类、斑马鱼和果蝇中邻居依赖性核苷酸置换的分析结果。一个用于执行所提出的分析的网络服务器是公开可用的。
作者：Peter F. Arndt and Terence Hwa
论文ID：q-bio/0501018
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2007-05-23