从氨基酸序列预测原生蛋白质结构的残基间接触顺序
摘要：残基接触顺序（Residue-wise contact order，RWCO）是一种表示长程接触程度的新型一维蛋白质结构。我们最近证明了一组三种一维结构（二级结构、接触数量和RWCO）包含了重建蛋白质的三维结构所需的足够信息。目前，已经存在通过氨基酸序列预测二级结构和接触数量的方法，但尚未有方法预测RWCO。此外，影响RWCO的氨基酸特性还不清楚。在这里，我们提出了一种基于线性回归的方法来预测RWCO，并通过分析回归参数来确定与RWCO相关的特性。目前的方法平均达到了0.59的显著相关性，即预测的RWCO与原始RWCO之间的相关性。RWCO预测的一个不寻常的特征是窗口大小为26个残基，这是一个非常大的优化半窗口大小。局部序列段的中心和近中心残基的回归参数与接触数量预测的参数高度相关，因此与疏水性相关。
作者：Akira R. Kinjo and Ken Nishikawa
论文ID：q-bio/0501015
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2007-05-23