可恢复的三维蛋白质结构的一维编码
摘要：从一维结构（如二级结构和接触数）可以直观地了解蛋白质的本地三维结构是如何由氨基酸序列编码的。然而，目前还不清楚一组给定的一维结构是否包含恢复基础三维结构所需的足够信息。在这里，我们展示了蛋白质的三维结构可以从三种类型的一维结构恢复出来，即二级结构、接触数和首次引入的残基间接触序列。通过使用模拟退火分子动力学模拟，寻找满足给定本地一维结构约束条件的结构，我们对包括各种结构类别和大小从56到146个残基的16个蛋白质进行了研究。通过选择最好满足约束条件的结构，所有蛋白质的坐标RMS偏差都小于4AA{}，而大多数蛋白质的偏差甚至小于2AA{}。这一结果为蛋白质结构预测和我们对序列-结构关系的理解打开了新的可能性。
作者：Akira R. Kinjo and Ken Nishikawa
论文ID：q-bio/0501005
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2007-05-23