基于集合覆盖的多序列比对
摘要：基于序列集合的多重对齐问题，我们提出了一种新的启发式方法。这种方法基于序列残基字母表的覆盖集合，并且确定了一组显著的块，包括需要对齐的序列的子序列。利用一种新的数据结构，称为后缀集树，我们可以从输入序列中构建这些块。后缀集树的构建依赖于残基字母表的覆盖集合，并且扩展了众所周知的后缀树。我们对BaliBASE氨基酸序列进行了性能测试，并将结果与一些著名方法进行了比较。
作者：A. H. L. Porto, V. C. Barbosa
论文ID：q-bio/0412021
分类：Quantitative Methods
分类简称：q-bio.QM
提交时间：2007-05-23