《Go模型再探讨：原生结构与局部及远程接触之间的几何耦合》
摘要：长程相互作用对48-mer三维晶格聚合物的折叠速率起到重要作用。通过Monte Carlo模拟，使用Go势模型，在三个具有不同原生几何结构的目标结构中，发现当长程相互作用对于原生态能量的相对贡献从约50%减少至零时，折叠时间急剧增加。然而，模拟折叠时间的分散度在很大程度上取决于原生几何结构，Go聚合物折叠到其中一个目标结构的折叠时间跨越三个数量级。我们还发现，根据目标几何结构的不同，局部接触和远程联系之间可能存在强的几何耦合，这意味着当存在这种耦合时，远程接触的形成是通过先形成局部接触来强制实现的。缺乏强的几何耦合导致动力学对相互作用能参数更为敏感；在这种情况下，当远程接触在能量上受到严重惩罚时，仅通过形成局部接触是不足以促进远程接触的建立的，从而导致更长的折叠时间。
作者：P.F.N. Faisca, M.M. Telo da Gama, A. Nunes
论文ID：q-bio/0411046
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2007-05-23