寡核苷酸探针在微阵列上的特异和非特异杂交
摘要：基因芯片的基因表达分析是基于mRNA与DNA寡核苷酸探针的序列特异性结合及其使用荧光标签进行测量。与预定目标不同的RNA片段的结合会导致问题，因为它会给信号添加一个与目标基因的表达程度无关的“化学底噪”。本文提出了特异和非特异杂交的分子特征，对基因表达分析可能产生影响。我们分析了GeneChip芯片中的完全匹配和不匹配探针的信号强度，以确定特异和非特异杂交的影响。我们发现，这些事件在PM和MM强度与PM中间碱基之间的关系上呈现出不同的模式。即，在特异和非特异RNA片段结合时，PM-MM对数强度差异的模式为三联体（C>G=T>A>0）和二联体（C=T>0>G=A）。强度差异的系统行为可以从探针序列中DNA/RNA寡核苷酸双链的碱对配对水平来解释。非特异结合的特征是每个PM/MM探针对的中央沃森-克里克（WC）配对的反转，而特异结合则是在PM和MM探针中分别结合了WC和自补（SC）配对。互补MM的强度引入了一个系统性的变异源，降低了基于MM强度的表达测量的精度。
作者：Hans Binder and Stephan Preibisch
论文ID：q-bio/0410028
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2009-11-10