核小体和自由DNA的分子动力学模拟
摘要：核小体组织DNA成染色质并显著影响转录、复制、调节和修复。我们使用全原子分子动力学模拟了一个核小体和其146碱基对的游离DNA。从每个轨迹中提取DNA螺旋参数，比较核小体DNA和游离DNA的构象、有效力常数、持续长度测量和波动性。提出了使用傅立叶分析解构和重构核小体构象和动力学的方法。结果表明，核小体中DNA的超螺旋路径是不规则的。除了与螺旋重复相关的外，还发现了核小体DNA构象的长尺度变化。这些变化要么是为了形成一个提出的四核体构象，要么是为了定性重构核小体超螺旋的1.75圈。游离DNA在溶液中能够产生足够的弯曲和剪切以创建理想的核小体超螺旋，但这些变形没有组织好，因此构象基本上是线性的。使用构象中选定的长波长变化重构自由DNA可以产生左旋或右旋的超螺旋。核小体中的DNA相对于溶液中的自由DNA较为僵硬，然而这样的测量结果依赖于长度尺度。
作者：Thomas C. Bishop
论文ID：q-bio/0410016
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2007-05-23