非本地相互作用对蛋白质折叠速率的影响：理论与模拟
摘要：蛋白质是最少受阻碍的高聚物。然而，对于逼真的蛋白质模型，必须考虑非原生相互作用。在本文中，我们分析了非原生相互作用对折叠速率和折叠自由能屏障的影响。我们提出了一种分析理论，用于解释引入非原生接触后自由能景观的变化，作为推动折叠的强烈的原生相互作用的一个微扰。我们的理论预测，在给定温度下引入弱的非原生相互作用会增强速率。通过使用离格层级的$C\_alpha$模型的src-SH3结构的模拟，我们对这个理论预测进行了全面测试。模拟结果与理论结果的强烈一致性证实了一个非平凡的结果，即相对较小的非原生相互作用能量实际上可以帮助蛋白质折叠成原生结构。
作者：C. Clementi and S. S. Plotkin
论文ID：q-bio/0407023
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2007-05-23