蛋白质构象识别的氨基酸替代矩阵
摘要：通过使用替代矩阵来衡量蛋白质序列的相似性，通常用于蛋白质序列对齐的方法。虽然广泛使用，但源自同源序列片段的矩阵（如Dayhoff的PAM矩阵和Henikoff的BLOSUM矩阵）并不专门用于蛋白质构象识别。通过采用不同的方法，我们得到了许多氨基酸段块。对于每个块，蛋白质的二级结构是相同的。基于这些块，我们得到了新的氨基酸替代矩阵。应用这些矩阵在构象段搜索和发现类似物方面取得了显著的改进，尤其是在“黄昏地带”。
作者：Xin Liu, Wei-Mou Zheng
论文ID：q-bio/0406032
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2007-05-23