从蛋白质中氨基酸出现频率推导出接触势：基于晶格模型的研究
摘要：通过蛋白质中的氨基酸出现频率来推导它们之间的接触势是可能的，这篇论文从进化的角度进行了讨论。这种方法允许使用传统的热力学来描述这些频率，并因此发展出一种策略，以在计算中包括由氨基酸的空间接近以及它们在蛋白质中总体上保守的倾向所引起的相关性。利用晶格模型描述蛋白质链并定义一个“真实”势能，我们通过选择一个折叠模型序列的数据库，从这些序列中推导出接触势，并将其与“真实”势能进行比较。考虑到相关性可以更好地预测相互作用势。
作者：G. Tiana, M. Colombo, D. Provasi and R. A. Broglia
论文ID：q-bio/0406030
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2009-11-10