与疾病相关的蛋白质显示出带电残基之间增强的序列相关性
摘要：蛋白质或相互作用蛋白质网络的功能往往涉及到序列上相隔较远的氨基酸残基之间的通信。经典案例是远距离氨基酸残基参与调控的驱动机制。已经引入了生物信息学和结构分析方法来推测相关的氨基酸残基。最近，越来越多的关注已经被集中在获取导致与疾病相关的蛋白质（Abeta肽，朊病毒蛋白，前甲状腺激素等）聚集和形成纤维的序列性质上。部分原因是为了识别表明易于聚集倾向的序列特征，我们引入了一种探测给定蛋白质家族中带电残基之间的共变化的方法。该方法涉及计算序列相关熵（SCE），该熵使用失活概率Psk(i,j)计算在给定序列差别sk下找到一个残基对的概率。这使得我们能够根据其SCE将蛋白质家族进行分类。我们的一般方法可能是在基因组范围内获得氨基酸残基的进化共变化的有用方式。
作者：Ruxandra I. Dima and D. Thirumalai
论文ID：q-bio/0405006
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2007-05-23