基于RNA的系统发育方法：应用于哺乳动物线粒体RNA序列
摘要：PHASE软件包允许使用一些专门为具有保守二级结构的RNA序列设计的进化模型进行系统发育树构建。在RNA的配对区域中, 进化通过补偿性替代发生, 因此对于一对配对的两侧的变化是相关的。考虑到这种相关性对系统发育推断非常重要，因为它影响似然计算。在本研究中，我们使用69个完整的哺乳动物线粒体基因组中的全部tRNA和rRNA序列。似然计算同时使用两个进化模型来分别处理序列的不同部分: 用于配对位点的配对位点模型和用于非配对位点的单位点模型。我们使用贝叶斯系统发育方法和马尔可夫链蒙特卡罗算法来获取最可能的树和支系的后验概率。几乎所有重要的哺乳动物树枝的结果得到了很好的解决。它们支持哺乳动物目录在四个更高级的目录集内的排列，这些目录集已经通过对主要包含核基因的大数据集进行的研究确定。在以前对线粒体蛋白质进行的研究中存在问题的一些群体(如刺猬和鼠科啮齿动物)，在其目录的其他成员处于预期位置。我们选择的基因和进化模型似乎更可靠，并且不受由碱基组成变异引起的偏差的影响，相比以前用线粒体基因组进行的研究。
作者：Cendrine Hudelot, Vivek Gowri-Shankar, Howsun Jow, Magnus Rattray and Paul G. Higgs
论文ID：q-bio/0404031
分类：Populations and Evolution
分类简称：q-bio.PE
提交时间：2007-05-23