铁杆菌类中tRNA和rRNA系统发育比较：对水平基因转移频率的启示
摘要：细菌进化的现状基本上是基于对16S rRNA的研究。然而，这只是一个基因。已知细菌种间可以发生水平基因转移，尽管其频率和影响尚未完全理解。如果水平转移频繁发生，细菌就不会存在一个单一的进化树，因为每个基因都会遵循不同的进化树。我们使用RNA特异性的系统发育方法对铜绿微生物（一个拥有许多完整基因组序列的多样群体）中的rRNA和tRNA基因进行了系统发育分析，该方法考虑到了二级结构的保守性。将16S rRNA和23S rRNA的树与29个在所有基因组中都存在的tRNA基因的连接序列的树进行了比较。这些tRNA基因分布在整个基因组中，如果水平转移频繁发生，那么它们不会遵循相同的进化历史。然而，tRNA树在大多数方面与rRNA树是一致的。几乎所有的次要差异都可以归因于系统发育方法的不确定性或不可靠性。因此，我们得出结论认为tRNA基因提供了有关有机体系统发育的一致图像，并且tRNA的水平转移过于罕见，以至于不能掩盖有关有机体树形状的信息。一些tRNA基因在所有基因组中都不出现。我们讨论了对基因出现和缺失模式的可能解释，其中包括基因删除、基因复制和tRNA抗密码子的突变。
作者：Bin Tang, Philippe Boisvert and Paul G. Higgs
论文ID：q-bio/0404030
分类：Populations and Evolution
分类简称：q-bio.PE
提交时间：2007-05-23