蛋白质侧链的手性和减少柔性的重要性：正方形和四面体晶格模型的研究
摘要：简化模型中，侧链通常以隐式（例如，通过自旋态）或简化为一个原子的形式呈现。我们使用方格和四面体格的模型研究侧链效应，其中侧链由两个原子明确表示。我们区分手性效应和侧链柔性效应，因为蛋白质中的残基为L-残基，其侧链采用不同的转子态。短链经过详尽的列举。对于长链，我们有效地采样罕见事件（例如，紧凑构象），并获得这些模型在所有紧凑性区域的完整的集合性质的图片。我们发现，无论是手性还是降低侧链柔性都显着降低了全局紧凑构象的折叠熵，这表明它们是确保快速折叠和稳定原生结构的重要残基特性。这与我们的发现相吻合，即天然氨基酸残基具有降低的有效柔性，这一点可通过转子库和侧链转动键的分析证明。我们进一步开发了一种计算给定骨架结构的准确侧链熵的方法。我们显示简单的转子计数经常显著低估侧链熵，并且侧链熵并不总是与主链堆积密切相关。在具有最大侧链熵的紧凑骨架中，螺旋结构成为主导构型。我们的结果表明，侧链熵可能是促使紧凑构象形成α螺旋的重要因素。
作者：Jinfeng Zhang, Yu Chen, Rong Chen, and Jie Liang
论文ID：q-bio/0404013
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2009-11-10