接触位势能可可靠地预测蛋白质的稳定性吗？
摘要：氨基酸之间的相互作用势最简单的近似是接触势，它通过一组在蛋白质构象中形成的氨基酸接触定义了蛋白质构象的有效自由能。找到一个能够在各种蛋白质家族中预测蛋白质状态自由能变化的接触势将有助于在可计算的时间尺度上进行蛋白质折叠和工程。我们测试了接触势准确且可转移地（跨不同蛋白质家族）预测蛋白质突变后稳定性变化的能力。我们开发了一种新方法来确定蛋白质中的接触势，该方法基于通过突变引起的蛋白质热力学稳定性变化（ddG）的实验测量。我们应用我们的方法来推导一系列接触相互作用参数，包括溶剂化和多体接触参数的层次化交互模型。我们通过统计测试评估我们的模型如何复现实验测量结果。我们评估使用接触势进行预测的最大准确性，以及从不同实验ddG数据集导出的参数之间的相关性。我们认为，使用接触势模型无法达到实验精度，并导出完全可转移的接触参数。然而，接触参数可以可靠地预测限于单个蛋白质序列中特定氨基酸位置的突变数据集的ddG。
作者：Jainab Kahtun, Sagar D. Khare, Nikolay V. Dokholyan
论文ID：q-bio/0402039
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2007-05-23