纠缠不变量与系统发生分支
摘要：用物理学中的动力张量描述的随机序列演化模型可以应用于系统发生学的研究。 在这个框架下处理这个问题可以利用数学物理的成熟方法在生物领域中应用。我们提出了系统发生学中均匀连续时间马尔可夫链模型的张量描述，其中分支事件由动力学操作生成。我们证明了来自系统发生学的标准结果可以从张量框架中得出。我们总结了量子物理学中一种用于纠缠度测量的强大方法，并说明它与系统发生学分析的相关性。我们发现纠缠度测量可以给出与系统发生学中已知的距离测量等效且更为详细的距离测量。特别地，我们建立了系统发生学数据的群不变函数和系统发生学距离函数之间的联系。我们引入了一种基于物理中称为"缠结"的群不变函数的三分子间的新的距离度量。所有工作都是基于任意速率矩阵的均匀连续时间马尔可夫链模型来进行的。
作者：J. G. Sumner and P. D. Jarvis (University of Tasmania)
论文ID：q-bio/0402007
分类：Populations and Evolution
分类简称：q-bio.PE
提交时间：2007-05-23