克隆阵列池化霰弹枪测序与映射：实验的设计与分析
摘要：利用池化和克隆测序的测序和映射方法的研究。首先，我们对最近提出的克隆阵列池化碎片测序（CAPSS）方法进行了详细研究和改进，该方法提供了一个包含整个基因组序列的BAC链路汇编。其次，我们引入了一种新的物理映射方法，称为克隆阵列池化碎片映射（CAPS-MAP），可以计算随机库中BAC的物理排序。CAPSS和CAPS-MAP均通过池化的基因组BAC克隆构建子克隆库。我们提出了算法和实验改进，使CAPSS成为克隆测序的可行选择。我们提供了CAPSS测序进展的第一个概率模型。该模型支持CAPSS的实用性，进一步支持之前对CAPSS实用性的非正式论证。我们通过概率分析和Drosophila melanogaster基因组的模拟组装展示了CAPS-MAP在克隆重叠检测上的实用性。分析结果表明，CAPS-MAP非常适合在高度冗余的库中检测BAC重叠，并且只依赖少量的碎片序列信息。因此，CAPS-MAP是一种实用的方法，可用于计算随机库中克隆的物理排序，而无需额外的克隆指纹技术。由于CAPS-MAP仅需要碎片测序读取，因此可以无缝地整合到几乎没有实验开销的测序项目中。
作者：Mikl''os Cs"ur"os and Bingshan Li and Aleksandar Milosavljevic
论文ID：q-bio/0312017
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2007-05-23