数据库蛋白质的序列疏水性和表面暴露模式之间的关联
摘要：水疏性被认为是驱动蛋白质折叠的主要力之一。通常情况下，疏水性残基更倾向于出现在核心位置，而极性残基则倾向于出现在折叠蛋白的表面。通过分析已知的蛋白质结构，我们量化了蛋白质的疏水性序列与其表面暴露模式之间的相关程度。我们对文献中的几种疏水性标度进行了统计显著性的评估，发现计算得到的相关性是显著但远非最佳的。我们表明，这种不太理想的相关性主要是由于自然发生的蛋白质中能够耐受的大量突变。较小的影响部分是由于除疏水性之外的其他力量，我们通过分析所有氨基酸的表面暴露分布来量化这一点。最后，我们展示了我们的数据库结果与蛋白质折叠的非晶格疏水-极性模型所得到的结果一致。
作者：Susanne Moelbert, Eldon Emberly and Chao Tang
论文ID：q-bio/0312010
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2007-05-23