蛋白质折叠核中的残基是否在进化上保守？
摘要：蛋白质的折叠和进化之间的相互影响是重要的。基于熵计算的几项研究通过相关实验测量残基在折叠核中的参与和序列保守性得出了不同的结论。在这里，我们报告了使用一种替代熵方法的进化模型对折叠核的保守性进行分析。我们使用连续时间马尔可夫模型来区分进化固定和偶然固定的突变。该模型考虑了密码子频率偏倚、偏向于过渡而不是转换的偏倚，以及显式的系统发生信息。我们使用$omega$比值来衡量选择压力，该比值是基于每个残基位点的同义与非同义替代的比值。$omega$值是使用{sc Paml}方法，一种最大似然估计器来估计的。我们的结果表明，实验测得的折叠核动力学参与程度（用$phi$值衡量）与选择压力（用$omega$值衡量）之间几乎没有相关性。此外，两个随机化测试未能显示折叠核残基在保守性上显著高于整个蛋白质。这些结果表明，在密码子替代水平上，并没有迹象表明折叠核残基在保守性上明显高于其他残基。我们还重构了折叠核的候选祖先残基，并提出了对古老折叠核的试管突变研究的可能性。
作者：Yan Yuan Tseng and Jie Liang
论文ID：q-bio/0311011
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2007-05-23