蛋白质的折叠态和变性态形状的不对称性
摘要：折叠状态和展开状态的形状不对称性是用两个参数来探测的，一个是球性的衡量，另一个描述形状。对于内部密集填充的折叠状态， 使用实验确定的结构的坐标计算了回旋半径（Rg）和这两个参数。虽然Rg按预期缩放为最大紧密结构，但形状参数的分布显示折叠结构的形状存在相当的不对称性。 对于形成寡聚体的蛋白质，不对称程度更大。对原始结构中的二体和三体接触进行分析表明，主链和侧链之间以及侧链之间接触数量相近导致了密集填充。 我们认为形状参数相对较大的蛋白质可以容忍体积突变而不会对接触网络或稳定性产生很大影响。 为了探测变性态的形状特征，我们开发了一个类WW结构的模型。使用Langevin模拟计算得到的形状参数在从螺旋到球态的过程中发生了巨大变化。 比较球态和折叠态WW结构的形状参数值发现，在蛋白质的填充中，能量效应（特别是疏水相互作用的分散）和立体效应都是重要因素。
作者：Ruxandra I. Dima and D. Thirumalai
论文ID：q-bio/0310023
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2007-05-23