使用扩散隐藏马尔可夫模型分析的DNA环结构动力学
摘要：用光学显微镜测量通过大约微米长度的聚合物将微米级珠子束缚在显微镜玻片上，并推断看不见的聚合物的行为的方法，称为束缚颗粒实验。目前，这种方法用于测量与结合到DNA的DNA环形成和降解相关的抑制蛋白介导的速率常数。我们报道了一种新的技术，使用修正的隐马尔可夫分析直接结合了颗粒的扩散运动，这是束缚颗粒运动的一个固有复杂性，因为它发生在采样频率和环形时间之间的时间尺度上。我们比较了使用我们方法获得的环形寿命与通过传统的阈值交叉分析获得的结果，后者根据原始数据在时间域中的滤波方式而变化。我们的方法不涉及这种滤波，因此可以检测到短暂的环形事件和环形行为的突然变化。
作者：John F. Beausang, Chiara Zurla, Carlo Manzo, David Dunlap, Laura Finzi, and Philip C. Nelson
论文ID：physics/0702020
分类：Biological Physics
分类简称：physics.bio-ph
提交时间：2009-11-13