柱状DNA组装中的扭转波动
摘要：螺旋生物分子的柱状聚集体中，绕分子长轴旋转的方位自由度可能在确定聚集体结构时非常重要，特别是当相邻分子之间的相互作用能量明确依赖于它们相对方位的时候。对于DNA而言，这导致了各种各样的柱状聚集体介相的出现，每种都由特定的方位排序进行分类。在以前的一篇论文[A. Wynveen, D. J. Lee, and A. A. Kornyshev, Eur. Phys. J. E, 16, 303 (2005)]中，我们发展了一种统计力学理论，用于确定这些介相的结构如何受热力学波动的影响。在本文中，我们通过包括分子的扭转波动来扩展这个理论，其中DNA分子可以围绕其长轴扭转，这会导致扭转弹性能量的代价。与之前的研究相比，我们发现包含扭转波动进一步增加了由六角结构向预测的菱形相之间的转变密度，并降低了菱形相的畸变程度。由于X射线衍射可以探测这种聚集体的二维晶格结构并提供关于分子间相互作用的信息，我们还计算了方位排序的相关函数，这在X射线散射强度曲线中得以展现。
作者：D. J. Lee and A. Wynveen
论文ID：physics/0511009
分类：Biological Physics
分类简称：physics.bio-ph
提交时间：2009-11-11