DNA纳米容器中熔化转变的蒙特卡洛模拟
摘要：DNA纳米容器是一种典型的基于DNA的机器，其功能取决于分子集体效应。通过电化学分析、荧光显微镜和原子力显微镜，对该装置的基本性质进行了研究。在装置切换过程中出现了有趣且新颖的现象。我们发现，在该系统中，与在大量溶液或传统DNA阵列中的DNA相比，表现出了更陡峭的熔化转变。为了理解这种差异，我们将DNA-DNA相互作用势引入传统的Ising-like Zimm-Bragg理论和Peyrard-Bishop DNA熔化模型中。为了避免由于DNA-DNA相互作用的修饰而导致的不切实际的数值计算，我们通过阐明熔化转变过程中能量变化的五个组成部分，建立了粗粒化的蒙特卡罗递归关系。结果表明，DNA-DNA相互作用势解释了观察到的陡峭转变。
作者：Song Chang, Youdong Mao, Zhengwei Xie, Chunxiong Luo, Qi Ouyang
论文ID：physics/0510004
分类：Biological Physics
分类简称：physics.bio-ph
提交时间：2009-11-11