螺旋蛋白中的振动极化子。I. 单振动态
摘要：3D α螺旋中与酰胺-I振动相关的振动动力学用广义Davydov模型描述。α螺旋通过三条由共价键连接的氢键肽单元脊柱来建模。为了消除每个酰胺-I模式的分子内非谐性，并对偶合进行重整化，采用了两个单位变换来达到修饰的非谐振动观点。结果表明，振子动力学源于脊柱间和脊柱内振子跳跃之间的竞争，并且这两种跳跃过程并不经历相同的修饰机制。因此，在低温（或弱振子-声子耦合）下，极化子表现为未修饰的振子，在所有的脊柱上都是弥散的，而在生物温度（或强振子-声子耦合）下，修饰效应强烈减少了不同脊柱之间的振动交换。结果导致极化子沿着单个脊柱传播，就像1D Davydov模型中一样。尽管螺旋支持声子和光学声子，但这个特性仅源于振子与声子的偶合。最后，确定了极化子伴随的晶格畸变，并且结果表明，位于激发脊柱上的残基受到比其他残基更强烈的变形。
作者：Cyril Falvo and Vincent J.C. Pouthier
论文ID：physics/0502029
分类：Biological Physics
分类简称：physics.bio-ph
提交时间：2009-11-11