通过单阶段转移协议计算的肽构象平衡
摘要：使用一种新颖的统计力学方法，我们研究了两种肽的构象平衡，该方法旨在计算高度不同构象状态之间的自由能差异。我们的结果阐明了在隐式溶剂化亮氨酸二肽和十肽甘氨酸中熵的对比作用。该方法扩展了Voter的早期工作，并通过构建数学上等效的高度构象相似的计算来克服了自由能计算中臭名昭著的“重叠”问题。该方法只需要平衡模拟所感兴趣的两个状态，无需采样转变态。我们讨论了该方法在结合亲和力估计和显式溶剂化系统方面的拓展，以及可能的优化。
作者：F. Marty Ytreberg and Daniel M. Zuckerman
论文ID：physics/0412116
分类：Biological Physics
分类简称：physics.bio-ph
提交时间：2007-05-23