β淀粉样蛋白二聚体形成的分子动力学模拟
摘要：阿尔茨海默病的发病与毒性寡聚体的形成有关。寡聚体的毒性取决于其结构，而结构受组装动力学的影响。由于当前实验技术的限制，还缺乏关于寡聚体结构的详细了解。我们引入了一种分子动力学方法来研究β淀粉样蛋白(Aβ)二聚体的形成：(1)我们使用粗粒化模型的离散分子动力学模拟来识别各种二聚体构型，(2)我们利用全原子分子力学模拟来估计所有二聚体构型的热力学稳定性。我们的粗粒化Aβ肽模型的模拟预测了十种不同的平面β折叠二聚体构型。然后，我们在含明确水的全原子分子力学模拟中估计了所有二聚体构型的自由能。我们比较了Aβ(1-42)和Aβ(1-40)二聚体的自由能差异。我们发现，(a)所有二聚体构型的自由能均较其相应的单体态要高，(b)Aβ(1-42)和类似的Aβ(1-40)二聚体构型之间的自由能差异不显著。我们的结果表明，Aβ寡聚体化不伴随稳定的平面β折叠Aβ二聚体的形成。
作者：B. Urbanc, L. Cruz, F. Ding, D. Sammond, S. Khare, S. V. Buldyrev, H. E. Stanley, N. V. Dokholyan
论文ID：physics/0403040
分类：Biological Physics
分类简称：physics.bio-ph
提交时间：2009-11-10